تپ دق جي تشخيص ۽ دوا جي مزاحمت جي ڳولا لاءِ هڪ نئون هٿيار: تپ دق جي انتهائي حساسيت جي تشخيص لاءِ مشين لرننگ سان گڏ هڪ نئين نسل جي ٽارگيٽيڊ سيڪوئنسنگ (tNGS)
ادب جي رپورٽ: سي سي اي: ٽي اين جي ايس ۽ مشين لرننگ تي ٻڌل هڪ تشخيصي ماڊل، جيڪو گهٽ بيڪٽيريا ٽيوبرڪلوسس ۽ ٽيوبرڪولس مينننگائٽس وارن ماڻهن لاءِ موزون آهي.
ٿيسز جو عنوان: ٽيوبرڪيولس-ٽارگيٽڊ ايندڙ نسل جي ترتيب ۽ مشين لرننگ: پيسيفڪ پلمونري ٽيوبلر ۽ ٽيوبلر ميننائٽس لاءِ هڪ انتهائي حساس تشخيصي حڪمت عملي.
وقتي: 《ڪلينيڪا چيميڪا ايڪٽا》
جيڪڏهن: 6.5
اشاعت جي تاريخ: جنوري 2024
يونيورسٽي آف چائنيز اڪيڊمي آف سائنسز ۽ ڪيپيٽل ميڊيڪل يونيورسٽي جي بيجنگ چيسٽ اسپتال سان گڏجي، ميڪرو اينڊ مائڪرو ٽيسٽ نئين نسل جي ٽارگيٽڊ سيڪوئنسنگ (tNGS) ٽيڪنالاجي ۽ مشين لرننگ طريقي تي ٻڌل هڪ ٽي بي جي تشخيص ماڊل قائم ڪيو، جيڪو ڪجھ بيڪٽيريا ۽ ٽي بي جي مينننگائٽس سان ٽي بي جي لاءِ الٽرا هاءِ ڊيٽيڪشن حساسيت فراهم ڪري ٿو، ٻن قسمن جي ٽي بي جي ڪلينڪل تشخيص لاءِ هڪ نئون هائپرسنسيٽيٽي تشخيص طريقو فراهم ڪري ٿو، ۽ ٽي بي جي صحيح تشخيص، دوا جي مزاحمت جي ڳولا ۽ علاج ۾ مدد ڪري ٿو. ساڳئي وقت، اهو مليو آهي ته مريض جي پلازما سي ايف ڊي اين اي کي ٽي بي ايم جي تشخيص ۾ ڪلينڪل نموني لاءِ مناسب نموني جي قسم طور استعمال ڪري سگهجي ٿو.
هن مطالعي ۾، 227 پلازما نمونا ۽ دماغي اسپائنل فلوئڊ جا نمونا ٻن ڪلينڪل ڪوهورٽس قائم ڪرڻ لاءِ استعمال ڪيا ويا، جنهن ۾ ليبارٽري تشخيصي ڪوهورٽ نمونا ٽي بي جي تشخيص جي مشين لرننگ ماڊل کي قائم ڪرڻ لاءِ استعمال ڪيا ويا، ۽ ڪلينڪل تشخيصي ڪوهورٽ نمونا قائم ٿيل تشخيصي ماڊل جي تصديق ڪرڻ لاءِ استعمال ڪيا ويا. سڀني نمونن کي پهريان مائيڪوبيڪٽيريم ٽي بي جي لاءِ خاص طور تي ٺهيل ٽارگيٽڊ ڪيپچر پروب پول ذريعي نشانو بڻايو ويو. پوءِ، ٽي بي-ٽي اين جي ايس سيڪوئنسنگ ڊيٽا جي بنياد تي، فيصلي جي وڻ جو ماڊل ليبارٽري تشخيصي قطار جي تربيت ۽ تصديق سيٽن تي 5-گنا ڪراس-تصديق ڪرڻ لاءِ استعمال ڪيو ويندو آهي، ۽ پلازما نمونن ۽ دماغي اسپائنل فلوئڊ نمونن جي تشخيصي حدون حاصل ڪيون وينديون آهن. حاصل ڪيل حد کي ڳولڻ لاءِ ڪلينڪل تشخيص قطار جي ٻن ٽيسٽ سيٽن ۾ آندو ويندو آهي، ۽ سکيا ڏيندڙ جي تشخيصي ڪارڪردگي جو جائزو آر او سي وکر ذريعي ڪيو ويندو آهي. آخرڪار، ٽي بي جي تشخيصي ماڊل حاصل ڪيو ويو.
شڪل 1 ريسرچ ڊيزائن جو اسڪيميٽڪ ڊاگرام
نتيجا: هن مطالعي ۾ طئي ٿيل CSF DNA نموني (AUC = 0.974) ۽ پلازما cfDNA نموني (AUC = 0.908) جي مخصوص حدن جي مطابق، 227 نمونن مان، CSF نموني جي حساسيت 97.01٪ هئي، خاصيت 95.65٪ هئي، ۽ پلازما نموني جي حساسيت ۽ خاصيت 82.61٪ ۽ 86.36٪ هئي. TBM مريضن مان پلازما cfDNA ۽ دماغي اسپائنل فلوئڊ ڊي اين اي جي 44 جوڙيل نمونن جي تجزيي ۾، هن مطالعي جي تشخيصي حڪمت عملي پلازما cfDNA ۽ دماغي اسپائنل فلوئڊ ڊي اين اي ۾ 90.91٪ (40/44) جي اعلي تسلسل آهي، ۽ حساسيت 95.45٪ (42/44) آهي. ڦڦڙن جي تپ دق وارن ٻارن ۾، هن مطالعي جي تشخيصي حڪمت عملي ساڳئي مريضن کان گيسٽرڪ جوس جي نمونن جي ايڪسپرٽ جي ڳولا جي نتيجن جي ڀيٽ ۾ پلازما نمونن لاءِ وڌيڪ حساس آهي (28.57٪ بمقابله 15.38٪).
شڪل 2 آبادي جي نمونن لاءِ تپ دق جي تشخيص ماڊل جي تجزيو ڪارڪردگي
شڪل 3 جوڙيل نمونن جا تشخيصي نتيجا
نتيجو: هن مطالعي ۾ تپ دق لاءِ هڪ انتهائي حساس تشخيصي طريقو قائم ڪيو ويو، جيڪو اوليگوبيڪيلري تپ دق (منفي ڪلچر) سان ڪلينڪل مريضن لاءِ سڀ کان وڌيڪ سڃاڻپ حساسيت سان هڪ تشخيصي اوزار فراهم ڪري سگهي ٿو. پلازما سي ايف ڊي اين اي جي بنياد تي انتهائي حساس تپ دق جي سڃاڻپ فعال تپ دق ۽ تپ دق ميننائٽس جي تشخيص لاءِ هڪ مناسب نموني قسم ٿي سگهي ٿي (دماغي تپ دق جي شڪ ۾ مبتلا مريضن لاءِ پلازما جا نمونا دماغي اسپائنل فلوئڊ کان گڏ ڪرڻ آسان آهن).
اصل لنڪ: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? via%3Dihub
ميڪرو ۽ مائڪرو ٽيسٽ ٽيوبرڪلوسس سيريز جي سڃاڻپ جي شين جو مختصر تعارف
تپ دق جي مريضن جي پيچيده نموني جي صورتحال ۽ مختلف ضرورتن کي نظر ۾ رکندي، ميڪرو ۽ مائڪرو ٽيسٽ بلغم جي نمونن مان مائع ڪڍڻ، ڪوالڪوم لائبريري جي تعمير ۽ ترتيب، ۽ ڊيٽا جي تجزيو لاءِ اين جي ايس حلن جو هڪ مڪمل سيٽ فراهم ڪري ٿو. پراڊڪٽس تپ دق جي مريضن جي تيز تشخيص، تپ دق جي دوا جي مزاحمت جي ڳولا، مائيڪوبيڪٽيريم تپ دق ۽ اين ٽي ايم جي ٽائيپنگ، بيڪٽيريا-منفي تپ دق ۽ تپ دق وارن ماڻهن جي انتهائي حساسيت جي تشخيص، وغيره کي ڍڪيندا آهن.
تپ دق ۽ مائيڪو بيڪٽيريا لاءِ سيريل ڊيٽيڪشن ڪِٽس:
| شيءِ نمبر | پيداوار جو نالو | پيداوار جي جاچ جو مواد | نموني جو قسم | لاڳو ٿيندڙ ماڊل |
| ايڇ ڊبليو ٽي ايس-3012 | نموني ڇڏڻ وارو ايجنٽ | بلغم جي نمونن جي مائع ڪرڻ جي علاج ۾ استعمال ٿيندڙ، هڪ فرسٽ ڪلاس رڪارڊ نمبر، سوٽونگ مشينري سامان 20230047 حاصل ڪيو آهي. | بلغم | |
| ايڇ ڊبليو ٽي ايس-اين جي ايس-پي 00021 | هائپر حساس ٽيوبرڪلوسس لاءِ ڪوالڪوم مقدار جي سڃاڻپ ڪٽ (تحقيق ڪيپچر طريقو) | بيڪٽيريا-منفي پلمونري ٽيوبرڪلوسس ۽ دماغي نوڊولس لاءِ غير ناگوار (مائع بايوپسي) انتهائي حساسيت جي سڃاڻپ؛ تپ دق يا غير تپ دق مائيڪو بيڪٽيريا سان متاثر ٿيڻ جو شڪ رکندڙ ماڻهن جي نمونن جو تجزيو اعليٰ کوٽائي جي ترتيب واري ميٽاجينومڪس ذريعي ڪيو ويو، ۽ اهو معلوم ڪرڻ جي معلومات ته ڇا تپ دق يا غير تپ دق مائيڪو بيڪٽيريا متاثر ٿيا هئا ۽ مائيڪو بيڪٽيريم ٽيوبرڪلوسس جي مکيه پهرين لائن دوا جي مزاحمت جي معلومات مهيا ڪئي وئي. | پيريفيرل رت، اليوولر ليويج فلوئڊ، هائيڊروٿوراڪس ۽ ايسائٽس، فوڪس پنڪچر نمونو، دماغي اسپائنل فلوئڊ. | ٻيو نسل |
| ايڇ ڊبليو ٽي ايس-اين جي ايس-ٽي001 | مائيڪوبيڪٽيريم ٽائپنگ ۽ دوا جي مزاحمت جي سڃاڻپ ڪٽ (ملٽي پلڪس ايمپليفڪيشن سيڪوئنسنگ طريقو) | مائيڪوبيڪٽيريم ٽائيپنگ ٽيسٽ، جنهن ۾ ايم ٽي بي سي ۽ 187 اين ٽي ايم شامل آهن.；مائيڪوبيڪٽيريم ٽيوبرڪلوسس جي دوا جي مزاحمت جي سڃاڻپ 13 دوائن ۽ دوا جي مزاحمت جين جي 16 بنيادي ميوٽيشن سائيٽن کي ڍڪيندي آهي. | بلغم، اليوولر ليويج فلوئڊ، هائيڊروٿوراڪس ۽ ايسائٽس، فوڪس پنڪچر نموني، دماغي اسپائنل فلوئڊ. | ٻئين/ٽيون نسل جو ٻٽو پليٽ فارم |
نمايان خاصيتون: HWTS-NGS-T001 مائيڪوبيڪٽيريم ٽائپنگ ۽ دوا جي مزاحمت جي سڃاڻپ ڪٽ (ملٽي پلڪس ايمپليفڪيشن طريقو)
پيداوار جو تعارف
هي پراڊڪٽ WHO جي ٽي بي جي علاج جي هدايتن ۾ بيان ڪيل مکيه پهرين ۽ ٻئي لائن دوائن تي ٻڌل آهي، ميڪرولائڊس ۽ امينوگلائڪوسائيڊز جيڪي عام طور تي NTM علاج جي هدايتن ۾ استعمال ٿيندا آهن، ۽ دوا جي مزاحمت جون سائيٽون WHO مائيڪوبيڪٽيريم ٽيوبرڪلوسس ڪمپليڪس ميوٽيشن ڪيٽلاگ ۾ دوا جي مزاحمت سان لاڳاپيل سائيٽن جي سڀني هڪ گروپ کي ڍڪينديون آهن، انهي سان گڏ ٻين رپورٽ ٿيل دوا جي مزاحمت جين ۽ ميوٽيشن سائيٽن کي ملڪ ۽ ٻاهرين ملڪن ۾ اعليٰ اسڪورنگ ادب جي تحقيق ۽ انگن اکرن موجب.
ٽائيپنگ جي سڃاڻپ چائنيز جرنل آف ٽيوبرڪلوسس اينڊ ريسپائريٽري ڊزيز پاران شايع ٿيل اين ٽي ايم هدايتن ۾ خلاصو ڪيل اين ٽي ايم اسٽرين ۽ ماهرن جي اتفاق راءِ تي ٻڌل آهي. ڊزائين ڪيل ٽائيپنگ پرائمر 190 کان وڌيڪ اين ٽي ايم نسلن کي وڌائي، ترتيب ڏئي ۽ تشريح ڪري سگھن ٿا.
ٽارگيٽڊ ملٽي پلڪس پي سي آر ايمپليفڪيشن ٽيڪنالاجي ذريعي، مائيڪو بيڪٽيريم جي جينوٽائپنگ جينز ۽ دوا جي مزاحمتي جينز کي ملٽي پلڪس پي سي آر ذريعي وڌايو ويو، ۽ ٽارگيٽ جينز جو ايمپليڪن ميلاپ جيڪو ڳولڻو هو حاصل ڪيو ويو. ايمپليفائيڊ پراڊڪٽس کي ٻئي نسل يا ٽئين نسل جي هاءِ ٿرو پُٽ سيڪوئنسنگ لائبريرين ۾ ٺاهي سگهجي ٿو، ۽ سڀني ٻئي نسل ۽ ٽئين نسل جي سيڪوئنسنگ پليٽ فارمن کي ٽارگيٽ جينز جي سيڪوئنس جي معلومات حاصل ڪرڻ لاءِ هاءِ ڊيپٿ سيڪوئنسنگ جي تابع ڪري سگهجي ٿو. بلٽ ان ريفرنس ڊيٽابيس ۾ موجود ڄاتل سڃاتل ميوٽيشنز (WHO مائيڪو بيڪٽيريم ٽيوبرڪلوسس ڪمپليڪس ميوٽيشن ڪيٽلاگ ۽ ان جو تعلق دوا جي مزاحمت سان) سان مقابلو ڪندي، دوا جي مزاحمت يا اينٽي ٽيوبرڪلوسس دوائن جي حساسيت سان لاڳاپيل ميوٽيشنز جو تعين ڪيو ويو. ميڪرو ۽ مائڪرو ٽيسٽ جي خود کليل اسپتم نموني علاج جي حل سان گڏ، ڪلينڪل اسپتم نمونن جي گهٽ نيوڪليڪ ايسڊ ايمپليفڪيشن ڪارڪردگي (روايتي طريقن کان ڏهه ڀيرا وڌيڪ) جو مسئلو حل ڪيو ويو، ته جيئن دوا جي مزاحمت جي سيڪوئنسنگ جي ڳولا کي سڌو سنئون ڪلينڪل اسپتم نمونن تي لاڳو ڪري سگهجي.
پيداوار جي ڳولا جي حد
34دوا جي مزاحمت سان لاڳاپيل جين18تپ دق جي خلاف دوائون ۽6اين ٽي ايم دوائون دريافت ڪيون ويون، جيڪي ڍڪينديون هيون297دوا جي مزاحمت جون سائيٽون؛ ڏهه قسم جا مائيڪوبيڪٽيريم ٽيوبرڪلوسس ۽ وڌيڪ190اين ٽي ايم جا قسم معلوم ڪيا ويا.
ٽيبل 1: 18+6 دوائن جي معلومات +190+NTM
پيداوار جو فائدو
مضبوط ڪلينڪل موافقت: بلغم جا نمونا سڌو سنئون خود-مائع ڪرڻ واري ايجنٽ سان بغير ڪلچر جي ڳولي سگهجن ٿا.
تجرباتي آپريشن سادو آهي: ايمپليفڪيشن آپريشن جو پهريون دور سادو آهي، ۽ لائبريري جي تعمير 3 ڪلاڪن ۾ مڪمل ٿي ويندي آهي، جيڪا ڪم جي ڪارڪردگي کي بهتر بڻائي ٿي.
جامع ٽائپنگ ۽ دوا جي مزاحمت: MTB ۽ NTM جي ٽائپنگ ۽ دوا جي مزاحمت واري سائيٽن کي ڍڪڻ، جيڪي ڪلينڪل تشويش جا اهم نقطا آهن، صحيح ٽائپنگ ۽ دوا جي مزاحمت جي ڳولا، آزاد تجزياتي سافٽ ويئر جي حمايت، ۽ هڪ ڪلڪ سان تجزياتي رپورٽون تيار ڪرڻ.
مطابقت: پراڊڪٽ جي مطابقت، مکيه وهڪرو ILM ۽ MGI/ONT پليٽ فارمن سان مطابقت.
پيداوار جي وضاحت
| پراڊڪٽ ڪوڊ | پيداوار جو نالو | ڳولا پليٽ فارم | وضاحتون |
| ايڇ ڊبليو ٽي ايس-اين جي ايس-ٽي001 | مائيڪوبيڪٽيريم ٽائپنگ ۽ دوا جي مزاحمت جي سڃاڻپ ڪٽ (ملٽي پلڪس ايمپليفڪيشن طريقو) | ONT 、Illumina 、MGI 、 Salus pro | 16/96 آر ايڪس اين |
پوسٽ جو وقت: جنوري-23-2024