تپ دق جي تشخيص ۽ دوا جي مزاحمت جي سڃاڻپ لاءِ هڪ نئون هٿيار: تپ دق جي انتهائي حساسيت جي تشخيص لاءِ مشين لرننگ سان گڏ هڪ نئين نسل جي ٽارگيٽيڊ ترتيب (tNGS)
ادبي رپورٽ: CCa: TNGS ۽ مشين لرننگ جي بنياد تي هڪ تشخيصي ماڊل، جيڪو گهٽ بیکٹريريل تپ دق ۽ تپ دق جي گردن جي سوزش وارن ماڻهن لاءِ موزون آهي.
مقالي جو عنوان: ٽيوبرڪولس-هدف ٿيل ايندڙ نسل جي ترتيب ۽ مشين لرننگ: پيسفڪ پلمونري ٽيوبلر ۽ ٽيوبلر ميننگائٽس لاءِ هڪ انتهائي حساس تشخيصي حڪمت عملي.
وقتي: 《ڪلينيڪا چيميڪا ايڪٽا》
IF: 6.5
اشاعت جي تاريخ: جنوري 2024
يونيورسٽي آف چائنيز اڪيڊمي آف سائنسز ۽ ڪيپيٽل ميڊيڪل يونيورسٽي جي بيجنگ چيسٽ اسپتال سان گڏ، ميڪرو ۽ مائڪرو ٽيسٽ نئين نسل جي ٽارگيٽيڊ سيڪيوئنسنگ (tNGS) ٽيڪنالاجي ۽ مشين لرننگ جي طريقن جي بنياد تي ٽي بي جي تشخيص جو ماڊل قائم ڪيو، جيڪو الٽرا هاءِ تپ دق لاءِ حساسيت جو پتو لڳائڻ، تپ دق جي ٻن قسمن جي ڪلينڪل تشخيص لاءِ، تپ دق جي ٻن قسمن جي تشخيص لاءِ نئون hypersensitivity تشخيص جو طريقو مهيا ڪيو، ۽ تپ دق جي درست تشخيص، دوا جي مزاحمت جي سڃاڻپ ۽ علاج ۾ مدد ڪئي.ساڳئي وقت، اهو معلوم ٿئي ٿو ته مريض جي پلازما cfDNA کي ٽي بي ايم جي تشخيص ۾ ڪلينڪل نموني لاء مناسب نموني جي قسم جي طور تي استعمال ڪري سگهجي ٿو.
هن مطالعي ۾، 227 پلازما نموني ۽ دماغي اسپائنل سيال جا نمونا استعمال ڪيا ويا ٻه ڪلينڪ ڪوهورٽ قائم ڪرڻ لاء، جن ۾ ليبارٽري تشخيص ڪوهورٽ نمونن کي استعمال ڪيو ويو مشين لرننگ ماڊل کي ٽيوبرڪولوز جي تشخيص جي ماڊل قائم ڪرڻ لاء، ۽ ڪلينل تشخيصي ڪوهورٽ نموني استعمال ڪيا ويا قائم ڪيل تصديق ڪرڻ لاء. تشخيصي ماڊل.مائيڪوبيڪيٽريم ٽيوبرڪلوسس لاءِ خاص طور تي ٺهيل ٽارگيٽ ڪيل ڪيپچر پروب پول پاران سڀ کان پهريان سڀ نمونا ٽارگيٽ ڪيا ويا.ان کان پوء، TB-tNGS جي ترتيب واري ڊيٽا جي بنياد تي، فيصلي واري وڻ جو ماڊل استعمال ڪيو ويندو آهي 5-فولڊ ڪراس-تصديق ڪرڻ لاءِ ليبارٽري تشخيصي قطار جي تربيت ۽ تصديق جي سيٽن تي، ۽ پلازما نمونن جي تشخيصي حد ۽ سيريبروسپائنل سيال نموني حاصل ڪيا ويندا آهن.حاصل ڪيل حد کي معلوم ڪرڻ لاءِ ڪلينڪل تشخيصي قطار جي ٻن ٽيسٽ سيٽن ۾ آندو ويو آهي، ۽ سکيا ڏيندڙ جي تشخيصي ڪارڪردگي جو جائزو ورتو ويندو آهي ROC وکر.آخرڪار، تپ دق جي تشخيصي نموني حاصل ڪئي وئي.
تصوير. 1 ريسرچ ڊيزائن جو اسڪيمي ڊاگرام
نتيجا: سي ايس ايف ڊي اين اي نموني جي مخصوص حدن جي مطابق (AUC = 0.974) ۽ پلازما cfDNA نموني (AUC = 0.908) هن مطالعي ۾ طئي ڪيو ويو، 227 نمونن مان، CSF نموني جي حساسيت 97.01٪ هئي، خاصيت هئي 95.65٪، ۽ پلازما نموني جي حساسيت ۽ خاصيت 82.61٪ ۽ 86.36٪ هئي.TBM مريضن مان پلازما cfDNA ۽ cerebrospinal fluid DNA جي 44 جوڙيل نمونن جي تجزيي ۾، هن مطالعي جي تشخيص واري حڪمت عملي پلازما cfDNA ۽ دماغي اسپينل فلوئڊ ڊي اين اي ۾ 90.91٪ (40/44) جي اعلي استحڪام آهي، ۽ 955٪ sensitivity آهي. (42/44).pulmonary tuberculosis سان گڏ ٻارن ۾، هن مطالعي جي تشخيص واري حڪمت عملي پلازما نموني جي ڀيٽ ۾ وڌيڪ حساس آهي ايڪسپرٽ جي ڳولا جي نتيجن جي نتيجي ۾ گيسٽرڪ رس جي نموني جي ساڳئي مريضن کان (28.57٪ VS 15.38٪).
تصوير 2 آبادي جي نموني لاءِ تپ دق جي تشخيص واري ماڊل جي ڪارڪردگي جو تجزيو
تصوير. 3 ٺھيل نموني جا تشخيصي نتيجا
نتيجو: تپ دق جي لاءِ هڪ انتهائي حساس تشخيصي طريقو هن مطالعي ۾ قائم ڪيو ويو، جيڪو هڪ تشخيصي اوزار مهيا ڪري سگهي ٿو جيڪو ڪلينڪل مريضن لاءِ اوليگوبيڪيلري ٽيوبرڪلوسس (منفي ڪلچر) سان گڏ سڀ کان وڌيڪ تشخيص واري حساسيت سان.پلازما cfDNA جي بنياد تي hypersensitive تپ دق جي سڃاڻپ فعال تپ دق ۽ تپ دق جي گردن جي تشخيص لاءِ مناسب نموني جو قسم ٿي سگهي ٿو (دماغي تپ دق جي شڪ ۾ مريضن لاءِ دماغي رت جي رطوبت جي ڀيٽ ۾ پلازما جا نمونا گڏ ڪرڻ آسان آهن).
اصل لنڪ: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990؟%3Dihub ذريعي
مختصر تعارف ميڪرو ۽ مائيڪرو ٽيسٽ ٽيوبرڪلوسس سيريز جي چڪاس جي مصنوعات
تپ دق جي مريضن جي پيچيده نموني جي صورتحال ۽ مختلف ضرورتن کي نظر ۾ رکندي، ميڪرو ۽ مائڪرو ٽيسٽ NGS حلن جو هڪ مڪمل سيٽ مهيا ڪري ٿو ڦڦڙن جي نمونن مان مائع ڪڍڻ، Qualcomm لائبريري جي تعمير ۽ ترتيب، ۽ ڊيٽا جي تجزيي لاءِ.پراڊڪٽس ۾ تپ دق جي مريضن جي تيزيءَ سان تشخيص، تپ دق جي دوائن جي مزاحمت جو پتو لڳائڻ، مائيڪوبيڪيٽريم ٽيوبرڪلوسس ۽ اين ٽي ايم جي ٽائپنگ، بيڪٽيريا-منفي تپ دق ۽ تپ دق وارن ماڻهن جي انتهائي حساسيت جي تشخيص وغيره شامل آهن.
تپ دق ۽ مائڪو بيڪٽيريا لاءِ سيريل معلوم ڪرڻ جا ڪٽ:
شيءِ نمبر | شئ جو نالو | پيداوار جي جاچ مواد | نموني جو قسم | قابل اطلاق ماڊل |
HWTS-3012 | نموني ڇڏڻ جي ايجنٽ | اسپتم نموني جي مائع جي علاج ۾ استعمال ڪيو ويو، هڪ فرسٽ ڪلاس رڪارڊ نمبر، سوتونگ مشينري سامان 20230047 حاصل ڪيو. | اسپتم | |
HWTS-NGS-P00021 | Qualcomm مقدار معلوم ڪرڻ واري ڪٽ لاءِ hypersensitive Tuberculosis (تحقيق جي پڪڙڻ جو طريقو) | غير ناگوار (مائع بايپسي) بيڪٽيريا-منفي پلمونري تپ دق ۽ دماغي نوڊولس لاءِ انتهائي حساسيت جو پتو لڳائڻ؛تپ دق يا غير تپ دق مائيڪو بيڪٽيريا سان متاثر ٿيل ماڻهن جي نمونن کي اعليٰ گہرائي جي ترتيب واري ميٽاجينومڪس ذريعي تجزيو ڪيو ويو، ۽ معلوم ڪرڻ جي معلومات ته تپ دق يا غير تپ دق مائيڪو بيڪٽيريا متاثر ٿيا هئا ۽ مائيڪوبيڪٽيريا ٽيوبرڪلوسس جي بنيادي پهرين لائن دوا جي مزاحمت جي معلومات. مهيا ڪيا ويا. | پردي جي رت، اليوولر lavage سيال، هائيڊروٿورڪس ۽ ascites، فوڪس پنڪچر نموني، دماغي اسپينل سيال. | ٻيو نسل |
HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium ٽائپنگ ۽ دوا جي مزاحمت جو پتو لڳائڻ ڪٽ (ملٽيپلڪس ايمپليفڪيشن ترتيب ڏيڻ جو طريقو) | Mycobacterium ٽائپنگ ٽيسٽ، بشمول MTBC ۽ 187 NTM؛مائيڪوبيڪيٽريم ٽيوبرڪلوسس جي دوا جي مزاحمت جي سڃاڻپ 13 دوائن ۽ 16 بنيادي ميوٽيشن سائيٽن تي مشتمل آهي منشيات جي مزاحمتي جينز. | اسپتم، اليوولر lavage سيال، هائيڊروٿورڪس ۽ ascites، فوڪس پنڪچر نموني، دماغي اسپينل سيال. | ٻيو / ٽيون نسل ٻٽي پليٽ فارم |
نمايان شيون: HWTS-NGS-T001 ميڪوبيڪٽريم ٽائپنگ ۽ منشيات جي مزاحمت جو پتو لڳائڻ ڪٽ (ملٽيپلڪس ايمپليفڪيشن جو طريقو)
پيداوار جو تعارف
پراڊڪٽ WHO TB جي علاج جي هدايتن ۾ بيان ڪيل مکيه پهرين ۽ سيڪنڊ لائين دوائن تي ٻڌل آهي، ميڪولائڊس ۽ امينوگلائڪوسائيڊس جيڪي عام طور تي NTM علاج جي هدايتن ۾ استعمال ڪيا ويا آهن، ۽ دوا جي مزاحمت واريون سائيٽون سڀني هڪ گروپ کي ڍڪينديون آهن دوا جي مزاحمت سان لاڳاپيل سائيٽون. WHO Mycobacterium tuberculosis ڪمپليڪس ميوٽيشن جي فهرست، گڏوگڏ ٻين رپورٽ ٿيل منشيات جي مزاحمت جين ۽ ميوٽيشن سائيٽن جي تحقيق ۽ انگن اکرن موجب اندرون ۽ ٻاهرين ادب جي اعلي اسڪورنگ جي انگن اکرن موجب.
ٽائپنگ جي سڃاڻپ NTM اسٽرين تي مبني آهي جيڪا NTM هدايتن ۾ اختصار ڪئي وئي آهي جيڪا اين ٽي ايم جي هدايتن ۾ شايع ٿيل آهي چائنيز جرنل آف ٽيوبرڪلوسس اينڊ ريسپيريٽري ڊيزيز ۽ ماهرن جي اتفاق راءِ سان.ڊزائين ڪيل ٽائپنگ پرائمر 190 کان وڌيڪ NTM نسلن کي وڌائي، ترتيب ۽ تشريح ڪري سگھن ٿا.
ھدف ٿيل ملٽي پلڪس پي سي آر ايمپليفڪيشن ٽيڪنالاجي جي ذريعي، جينو ٽائيپنگ جينز ۽ منشيات جي مزاحمتي جين مائيڪوبيڪيٽريم کي ملٽي پلڪس پي سي آر پاران وڌايو ويو، ۽ ٽارگيٽ جين جو amplicon ميلاپ حاصل ڪيو ويو.وڌايل پروڊڪٽس کي ٻئي نسل يا ٽئين نسل جي اعليٰ ذريعي ترتيب ڏيڻ واري لائبريرين ۾ تعمير ڪري سگهجي ٿو، ۽ سڀ سيڪنڊ-جنريشن ۽ ٽين نسل جي ترتيب واري پليٽ فارمن کي حدف جين جي ترتيب جي معلومات حاصل ڪرڻ لاءِ اعليٰ کوٽائي جي ترتيب سان مشروط ڪري سگهجي ٿو.ٺهيل ريفرنس ڊيٽابيس ۾ موجود ڄاڻايل ميوٽيشنز سان مقابلو ڪندي (بشمول WHO Mycobacterium tuberculosis پيچيده ميوٽيشن جي فهرست ۽ ان جو تعلق دوا جي مزاحمت سان)، دوا جي مزاحمت سان لاڳاپيل ميوٽيشنز يا اينٽي ٽي بي جي دوائن جي حساسيت جو تعين ڪيو ويو.ميڪرو ۽ مائيڪرو ٽيسٽ جي خود کوليل اسپتم نموني علاج جي حل سان گڏ، ڪلينڪ اسپتم جي نموني جي گھٽ نيوڪلڪ ايسڊ امپليفڪيشن ڪارڪردگي جو مسئلو (روايتي طريقن جي ڀيٽ ۾ ڏهه ڀيرا وڌيڪ) حل ڪيو ويو، ته جيئن دوا جي مزاحمت جي تسلسل کي ڳولي سگهجي. سڌو سنئون ڪلينڪ اسپتم نموني تي لاڳو ٿئي ٿو.
پيداوار جي ڳولا جي حد
34منشيات جي مزاحمت سان لاڳاپيل جين18اينٽي ٽي بي دوائون ۽6NTM منشيات لڌا ويا، ڍڪڻ297دوا جي مزاحمتي سائيٽون؛ڏهه قسم جي Mycobacterium tuberculosis ۽ ان کان وڌيڪ190NTM جا قسم دريافت ڪيا ويا.
جدول 1: 18+6 دوائن جي معلومات +190+NTM
پيداوار جو فائدو
مضبوط ڪلينڪل موافقت: اسپتم جا نمونا سڌو سنئون ڳولي سگهجن ٿا سيلف ليڪفيڪشن ايجنٽ سان بغير ڪلچر جي.
تجرباتي آپريشن سادو آهي: ايمپليفڪيشن آپريشن جو پهريون دور سادو آهي، ۽ لائبريري جي تعمير 3 ڪلاڪن ۾ مڪمل ٿي ويندي آهي، جيڪا ڪم جي ڪارڪردگي کي بهتر بڻائي ٿي.
جامع ٽائپنگ ۽ دوا جي مزاحمت: MTB ۽ NTM جي ٽائپنگ ۽ منشيات جي مزاحمت واري سائيٽن کي ڍڪڻ، جيڪي ڪلينڪ جي تشويش جا اھم نقطا آھن، صحيح ٽائپنگ ۽ دوا جي مزاحمت جي سڃاڻپ، آزاد تجزيو سافٽ ويئر جي حمايت ڪرڻ، ۽ ھڪڙي ڪلڪ سان تجزيو رپورٽون پيدا ڪرڻ.
مطابقت: پيداوار جي مطابقت، مکيه اسٽريم ILM ۽ MGI/ONT پليٽ فارمن کي ترتيب ڏيڻ.
پيداوار جي وضاحت
پراڊڪٽ ڪوڊ | شئ جو نالو | سڃاڻپ پليٽ فارم | وضاحتون |
HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium ٽائپنگ ۽ دوا جي مزاحمت جو پتو لڳائڻ ڪٽ (ملٽيپلڪس ايمپليڪشن جو طريقو) | ONT 、Illumina 、MGI 、 Salus pro | 16/96rxn |
پوسٽ جو وقت: جنوري-23-2024